微生物廣泛存在于自然界，在茶葉加工過程中對微生物的研究越來越多，隨著研究的不斷深入，人們越來越認識到微生物在茶葉加工中的重要性。
1.1微生物在黑茶加工中的應用
黑茶是我國特有的茶類，包括黑磚茶、茯磚茶、花磚茶、青磚茶、六堡茶、普洱茶等。溫瓊英等研究表明，茯磚茶中占優勢的微生物是謝瓦氏曲霉，謝瓦氏曲霉的含量直接影響茯磚茶的外觀品質和風味品質。他還發現茯磚茶中除謝瓦氏曲霉為優勢菌外，還有青霉、黑曲霉、鐮刀霉、根霉、交鏈孢霉、彎孢霉，其中出現最多的是黑曲霉和青霉。茯磚茶中除霉菌之外，還有許多細菌，多數是無芽孢短小桿菌，細菌的數量與評審滋味不呈規律性的影響，但細菌含量過多，影響衛生品質。王志剛對l7份茯磚茶樣品的微生物進行了分離鑒定，霉菌最高含量是1.7xl06cfu／g，平均含量是4.2×106cfu／g，散囊菌是優勢霉菌，共分離到7種散囊菌：冠突散囊菌、間型散囊茵、匍匐散囊菌、謝瓦散囊菌、阿姆斯特丹散囊菌、赤散囊菌和一種散囊菌，另外還有少量黑曲霉、毛霉、擬青霉、草酸青霉、短密青霉等。
普洱茶是將曬青毛茶經過發酵處理精制而成的茶葉。周紅杰等唯普洱茶加工過程中微生物及酶系變化的研究，發現黑曲霉、青霉、根霉、灰綠曲霉和酵母等微生物存在于普洱茶的整個加工過程中，其中初期黑曲霉最多，約占微生物總數的80％。在渥堆前期中溫型霉生長繁殖迅速；黑曲酶代謝產生的水解酶，在渥堆中期，表現為增加趨勢；后期低溫嗜干的灰綠曲霉開始繁殖，在渥堆水分適度時，大量酵母菌的生長對普洱茶甜醇滋味的形成有重要作用。六堡茶也同樣是通過渥堆中微生物的作用而形成特色風味圈，起主要作用的是霉菌，其中曲霉、青霉在制茶過程促進變色作用；六堡茶在后發酵階段，也有少量金黃色散囊菌出現，能產生淀粉酶、氧化酶。
1.2微生物在紅茶加工中的應用
國內外的研究證實，酵母菌、真菌、細菌等三類微生物是影響紅茶品質的最主要微生物。趙和濤圈研究發現，在紅茶加工中，霉菌能分泌淀粉酶、葡萄糖生產酶、麥芽糖酶、界限糊精酶等生物酶，這些酶具有液化和糖化淀粉的能力，可以提高紅茶中可溶性糖的含量，對增進香氣和改善滋味均有良好的作用；酵母菌能促進氨基酸轉化分解；谷氨酸可轉化為琥珀酸，天門冬氨酸可轉化為延胡索酸和草酰乙酸，丙氨酸可轉化為丙酮酸，提高了紅茶茶湯鮮爽味；纖維素細菌將芽葉中的纖維素先分解為纖維二糖，再轉化為葡萄糖，使粗老茶的茶湯由不爽醇的粗老味，轉向甜醇鮮爽味，優化粗老低檔紅茶品質；酵母菌可以引起紅茶中芳香物質的分解、轉化、聚合反應，使一些青草味散失，導致和促進花香甜味的形成，提高紅茶香氣。
1.3微生物在發酵茶飲料中的應用
茶葉微生物發酵是以茶葉為主要基質接種特定微生物，通過它們的代謝等作用使茶葉發生生理生化變化。微生物發酵茶飲料主要有：醋酸桿菌、乳酸桿菌和酵母菌共同發酵生產的紅茶菌飲料、霉菌發酵茶飲料、菌茶等。紅茶菌飲料為家庭式培養，目前尚無紅茶菌的工業化生產；江潔等（1999）嘲在含淀粉糖漿的茶汁中先按1：1比例接種4％的Lactobacillus.bulgaricus和Lacto-bacillus.thermophilus在42℃下發酵一定時間后，再接種0.2％的法式面包酵母繼續發酵24h，可制得一種具有茶清香、醇香、營養豐富、風味獨特的保健茶飲料；日本的發酵茶Goishicha是一種霉菌發酵茶飲料，其生產工藝是在茶葉中先接種AspergillusFｕｍｉｎｇｏｔｕｓ，Aspergillusniger,Peni-cilliumsp，Scopulariopsis brevicaulis，發酵一段時間后，茶葉的纖維素和果膠等被消化破壞，茶葉中的有效營養物質易溶出，再接種Lactobacillus plantarum繼續進行發酵，從而制成一種富含氨基酸的茶飲料，烏齡盛以茶汁為培養基、平菇為菌種人工調控培養營養藥用型菌茶是可行的。2001年他又在茶葉中配伍其它食藥兼用材料后，接種玉靈菌，3O℃發酵一定時問，制得一種兼有兩者功效的玉靈菌茶。林新堅有專利報道，在茶原料中接種冬蟲夏草菌發酵一定時間，可形成新型冬蟲夏草保健茶；HasasGerhardJ有加拿大專利報道，在50mL含1％咖啡因的茶葉提取物的水溶液中接種指數生長期的假單孢菌pseudomondNRRIB一8O51，B-8053，B一8O6o），3搖瓶發酵44h后，咖啡因含量減少至0.01％。因而假單孢菌具有良好的脫咖啡因的功效，可以用來生產低咖啡因茶飲料。
1.4微生物在茶葉廢棄物中的應用
近10年來，我國茶飲料、速溶茶和茶多酚等深加工產品的生產量快速遞增，這些深加工產品每年產生的茶渣達到1.6億kg。近年，日本報道用茶葉飼養畜禽能明顯提高畜禽肉的品質，因而開發茶渣使之成為一種新飼料原材料，有助于改善由于飼料中多種添加劑的使用而造成的畜禽肉品質下降的狀況；且使難以處理的茶渣廢料成為一種優質新型飼料，有利于生態環境的保護。劉姝等以茶渣為主，添加其它輔料作為發酵基質，采用木霉、曲霉、有益微生物之間配伍、不同含水量和3O℃下不同發酵時間進行固體發酵試驗，發酵后料中粗蛋白含量達到26％29％，分別比對照提高了20％30％，其營養價值達到了仔豬配合飼料中粗蛋白的含量；可溶性物質達到25％以上，分別比對照提高了20％--37％。
2微生物在茶樹栽培管理上的應用
無公害茶園、生態茶園、有機茶園的建立，使得肥料問題倍受人們關注。在減少茶園化肥用量，提高土壤肥力時，人們根據一些有益微生物如根瘤菌、固氮菌、解磷菌、解鉀菌及放線菌等的特定功能，將其制成生物肥料施于茶園，達到增產提質。日本研制的EM，是一種以光合細菌、乳酸菌、酵母菌、放線菌為主的具有的5個科10個屬8o余種微生物復合培養而成的微生物制劑。據報道，將EM稀釋進行茶樹葉面噴施，能夠促進茶芽的生長發育，提高百芽重。1998年英德市茶樹良種場在茶園施用”超大“微生物有機肥，使茶樹萌發提早，芽葉數量和百芽重芽葉增加，且具有一芽二葉長度的優勢。莫小燕61對主要成分為放線菌制成的”保得“牌微生物葉面增效劑進行田間試驗，結果顯示，可促進茶樹芽梢生長發育，提高茶葉產量，并且增加氨基酸含量，降低苦澀味。湖南省農科院植保所研制的”風行“光合細菌葉面肥，促進茶樹新梢早發、快發、多發，葉片濃綠，根系發達，提高茶葉產量20％以上，同時明顯增強茶樹的抗病性、免疫力和抗逆性（亢寒、抗旱）。
3微生物在茶園病蟲害防治上的應用
3.1細菌
細菌主要是通過昆蟲口腔進入消化道，菌體產生毒素使害蟲在短期內中毒死亡。大量的研究結果表明，蘇云金桿菌及其類似制劑對多種鱗翅目食葉幼蟲有較好的防治效果，應用到茶樹上可以防治茶蠶、茶刺蛾、茶毛蟲等。胡淑霞等。從茶樹體內分離篩選出有益微生物芽孢桿菌（FBM），田間及室內的抑病試驗表明，TBM對茶赤葉斑病、茶白星病、茶煤病、茶輪斑病和茶褐色葉斑病等5種病菌有不同程度的抑制作用。
3.2真菌
真菌主要是通過昆蟲體壁侵人體腔，孢子萌發產生幾丁質酶破壞昆蟲體壁，大量生長繁殖，消耗昆蟲體內體液，最后抑菌絲體穿出體壁，產生孢子再侵染，死蟲體內因大量菌絲生長而體驅僵硬。白僵菌（Beauveriabassiana）和孢白僵菌（Btenlla）是一類僵病真菌，它們可以防治茶尺蠖、茶小卷葉蛾等害蟲，防治效果在85％以上。中國茶科所從黑刺粉體分離出一種寄生真菌--韋伯蟲座孢菌，田間用此菌噴霧對黑刺粉的防治效果達78.2％～81.2％；此外，真菌類抗生素較多。如多抗霉素、慶豐霉素防治茶餅病、茶云紋葉枯病；井岡霉素可防治黑腐病；還有兩種殺蟲抗生素--殺蚜素和韶關霉素，殺蚜素用來防治茶蚜效果。
4微生物在茶葉貯藏與保鮮中的應用
江西德字集團劉浩元將嫌氣性蠟狀芽孢桿菌經低溫處理制成菌粉，按一定的重量比摻人到成品茶中，攪拌均勻后密封，再放人溫度℃恒溫室三周，然后入庫。由于該微生物能在茶葉表面形成生物膜，將茶葉與外界空氣隔絕，從而控制茶葉的氧化劣變，達到保鮮的目的。
綜上所述，微生物在茶業中的研究與應用在不斷開拓和深化。隨著分子技術、PCR技術和遺傳基因標記技術的進步，茶業中微生物的研究將得到迅速發展。但下述兩個問題需首先進一步研究，㈠微生物在提高茶葉品質的同時，不可避免會產生有害的雜菌，若不能很好控制，是否會破壞成品茶的品質風味，如何更好地控制；㈡磚茶中金花菌的毒理研究也是一項亟待解決的問題。
